Her Kentin Mikrobu Kendine

İster metroda, kapı kollarında, otomat ekranında ya da banklarda olsun şehrin her yerinde mikroplarla karşı karşıya geliriz. Bakteriler, virüsler, mantarlar ve arkeobakterilerin bazıları bizim mikrobiyomuza aitken bazıları doğaya, yabani hayvanlara, toprağa, havaya ya da suya aittir. Bu çeşitli mikropların kombini kentte özel bir karışım oluşturur. 

Uzmanlar ilk kez kentsel mikrobiyomunun bileşimini, kentten kentte ne kadar benzer ya da ne kadar farklı olduğunu araştırdılar. New York metrosundaki mikrop dünyayla ilgili yapılan çalışma çok ilgi gördü. Bunun üzerine tüm kenttin mikrop çeşitliliğini araştırma konusu ortaya çıktı. 

Araştırmada; 3 yıl boyunca 60 şehirdeki toplu taşıma sistemlerinden 4.728 metagenomik örneğin küresel bir atlas ortaya koyuluyor. Bu atlas, referans veritabanlarında bulunmayan 10.928 virüs, 1.302 bakteri, 2 arke ve 838.532 CRISPR dizisi dahil olmak üzere mikrobiyal suşların, fonksiyonel özelliklerin, antimikrobiyal direnç (AMR) belirteçlerinin ve genetik öğelerin açıklamalı, jeo-uzamsal profilini içeriyor. Tüm örneklerde genetik dizilim yardımıyla, mikrop türlerinin bileşimi ve görülme sıklığı analiz edildi. Bu şekilde 31 kentin %97’sinde görülen 4.246 mikrop türü tespit edildi. 

Bu çekirdek mikrop çeşitliliği; şehirler, iklim ve coğrafi farklılıklara bakılmaksızın daha çok bakterilerden oluşuyordu. Ancak beklenilenin aksine, bu kentsel çekirdek mikrobiyomdaki türler, insanların tipik mikrobiyomundan önemli ölçüde farklıydı. Gerçi Cutibacterium acnes cilt bakterisi kentte en fazla bulunan organizmadır. Hava partiküllerinde yaşayan Micrococcus luteus  ve metal çevrelere uyum sağlamış Cupriavidus metllidurans da en sık görülen on tür arasında yer alıyor. 

Kentler için tipik olan çekirdek mikrobiyomu dışında örneklerde bölgeden bölgeye ve kentten kente farklılık gösteren çok sayıda mikrop çeşidi bulunuyor. Her şehrin kendi moleküler ekosu vardır. Mesela bir insanın ayakkabısındaki mikrobiyoma bakarak hangi şehirden geldiği anlaşılabilir diyor araştırmacılar. Bu araştırma içerisinde bir çok ilginç nokta da keşfedildi; kentsel mikropların bir kısmını bizler hiç bilmiyoruz. Araştırılan örneklerde bilinen hiçbir bakteriye, virüse, mantara veya arkeaya sınıflandırılmayan binlerce DNA parçası bulundu. Ayrıntılı analizler sonucunda yapılan örnek çalışmaların içinde en az 10.000 tanesinde daha önce bilinmeyen virüs ve 748’nin ise bilinmeyen bakteriye ait olduğu anlaşıldı. 

Yazan: Bilge KAPLAN

Kaynak*

YouTube Kanalımız

Leave a reply

Please enter your comment!
Please enter your name here